Como tratar uma baixa por doença ou acidente de trabalho

Para que serve?

Numa baixa por doença ou por acidente de trabalho, a empresa deixa de pagar a retribuição dos dias de baixa, e quem paga ao trabalhador é a Segurança Social (doença) ou a seguradora (acidente). O fiscaldoo trata a baixa em duas partes:

• a ausência, que todos os perfis de salários veem, só com as datas e um nome neutro;
• o registo reservado da baixa (certificado, quem paga, dias de espera), que só o perfil Ver ausência médica abre. Os dados de saúde são uma categoria especial do RGPD.

Aprovada a ausência, o recibo do mês desconta os dias de baixa sozinho.

Quando utilizar?

• O trabalhador entregou um certificado de incapacidade temporária (CIT) por doença.
• O trabalhador teve um acidente de trabalho e está sem trabalhar.
• Chegou um prolongamento de uma baixa já registada.

Uma falta por outro motivo (casamento, falecimento, falta injustificada) trata-se em Como tratar faltas e atrasos no recibo.

Onde encontrar?

• A ausência: Salários › Preparar › Ausências › Novo.
• O registo reservado: Salários › Preparar › Baixas por incapacidade (só aparece a quem tem o perfil Ver ausência médica), ou o botão Registo médico na ausência.

Antes de começar

• Quem regista: os Recursos Humanos (perfil RH, com a gestão de todas as ausências) e com o perfil Ver ausência médica. Este perfil vem fechado, também ao administrador do sistema; um administrador atribui-o em Definições › Utilizadores e empresas › Utilizadores, na ficha do utilizador, no separador Ajustes avançados, em Salários PT — Ver ausência médica (saúde) › Ver ausência médica, e a atribuição fica registada. Sem ele, o RH regista a ausência mas não vê o tipo real nem o registo reservado.
• Quem dá a segunda aprovação: o Administrador de Salários (botão Validar da ausência). O RH não a pode dar numa ausência de saúde.
• Quem calcula o recibo: o Processador de Salários, no lote do mês.
• O lote do mês da baixa ainda não está validado. Uma baixa num mês já pago não chega a nenhum recibo (ver «Notas importantes»).
• Tenha à mão o número do CIT e as datas, e saiba se o trabalhador tem proteção da Segurança Social na doença.

Como utilizar

1. Com o perfil RH, abra Salários › Preparar › Ausências e carregue em Novo.
2. Em Trabalhador, escolha o trabalhador, por exemplo Hugo Miguel Santos.
3. Em Tipo de tempo, escreva impossibilidade e escolha o tipo pelo nome real, que só o perfil Ver ausência médica vê:
   • Doença;
   • Acidente de trabalho;
   • Ausência para exames, tratamento ou ajudas técnicas após acidente de trabalho.
4. Em Datas, escolha o primeiro e o último dia do certificado, por exemplo 16/11/2026 a 20/11/2026. Aparecem 5,00 dia(s), Regresso ao trabalho em 21/11/2026 e Primeiro dia útil de regresso 23/11/2026.
5. No separador Lei portuguesa: comunicação, prova e efeito, preencha antes de aprovar:
   • Comunicada em: a data em que o trabalhador avisou, por exemplo 16/11/2026 (o campo guarda também a hora, por omissão 00:00);
   • Prova entregue em: o dia em que entregou o certificado, por exemplo 17/11/2026;
   • Proteção da Segurança Social ou seguro: Sim, Não ou Não dito. Com Não dito, a segunda aprovação é recusada (ver «Problemas frequentes»).
6. Guarde (a ausência fica Para Aprovar) e carregue em Aprovar. Passa a Segunda Aprovação, com a Classificação «Art. 249.º/2, alínea d: falta justificada.».
7. Carregue em Registo médico. Abre-se o registo reservado da baixa, já com o trabalhador e as datas. Confira:
   • Origem: vem do tipo (Doença comum para Doença, Acidente de trabalho para o acidente). As opções são Doença comum, Tuberculose, Internamento hospitalar ou cirurgia de ambulatório, Doença profissional e Acidente de trabalho. Escolha só a origem, nunca o diagnóstico;
   • Paga a prestação: Segurança Social, Seguradora, Entidade empregadora ou Ninguém (por omissão, a Segurança Social na doença e a seguradora no acidente);
   • Prova: CIT eletrónico (Segurança Social), Atestado médico, Declaração de hospital ou centro de saúde ou ADD.
8. No separador Certificados, carregue em Adicionar uma linha e preencha Número do certificado, Inicial ou prolongamento (Inicial ou Prolongamento), Emitido em, Válido desde e Válido até. Em Ficheiro pode juntar a cópia do certificado. Guarde.
9. Peça ao Administrador de Salários que abra a ausência (em Salários › Preparar › Ausências, estado Segunda Aprovação) e carregue em Validar. O Administrador de Salários não tem o perfil Ver ausência médica por omissão: vê o tipo como «Falta justificada — impossibilidade de prestar trabalho (CT art. 249.º/2-d) — C» e o aviso «Ausência com justificação reservada: o tipo exato só o veem as pessoas autorizadas a ver as ausências reservadas.». Para validar não precisa de ver o tipo, mas se quiser lê-lo ou abrir o registo reservado, um administrador do sistema atribui-lhe esse perfil (ver «Antes de começar»). A ausência passa a Aprovado e o registo reservado também.
10. Com o perfil Processador de Salários, abra o lote do mês (ver Como processar os salários do mês) e carregue em Calcular. No recibo do trabalhador, confira a linha Retribuição perdida por faltas.

O que o fiscaldoo calcula sozinho

No registo reservado, o bloco Efeitos (calculados) mostra:

• Dias de baixa: os dias de calendário do certificado (5 no exemplo).
• Dias de espera nesta baixa: 3 numa doença comum; 0 no acidente de trabalho, na tuberculose e no internamento. Os dias de espera diminuem se marcar Dia de início pago (o trabalhador adoeceu durante o turno e a empresa pagou o dia), Iniciada durante um subsídio parental ou Dias de autodeclaração de doença.
• Suspende o contrato (art. 296.º/1): desmarcado nesta baixa de 5 dias; o fiscaldoo calcula-o, não se escreve.

Pendente de validação por contabilista certificado: dias de espera da doença comum e as exceções (DL 28/2004, art. 21.º), perda da retribuição só com proteção na doença (CT art. 255.º/2-a) o dia do acidente a cargo da empresa e o subsídio de doença pago pela Segurança Social a partir do 4.º dia.

Exemplo de doença. Hugo Miguel Santos ganha 1.250,00 € e esteve de baixa por doença de 16/11/2026 a 20/11/2026 (5 dias úteis). No recibo de novembro:

• Retribuição perdida por faltas: 40,00 horas, −208,33 € (1.250,00 € ÷ 30 × 5). Como foi calculado? diz «5 dia(s) de ausência no período».
• Subsídio de alimentação: 16 dias, 98,40 €.
• Bruto 1.140,07 €; Segurança Social (trabalhador) 11 % de 1.041,67 € = 114,58 €; IRS retido 27,00 €; Líquido a pagar 998,49 €.

A empresa não paga os 3 dias de espera nem os seguintes. O subsídio de doença é pago pela Segurança Social diretamente ao trabalhador e não entra no recibo.

Exemplo de acidente de trabalho. Diogo Ferreira Lopes ganha 1.150,00 € e esteve de baixa por acidente de trabalho de 09/11/2026 a 13/11/2026 (5 dias úteis). O registo reservado tem Origem «Acidente de trabalho», Paga a prestação «Seguradora» e 0 dias de espera. O recibo de novembro desconta só 4 dias (32,00 horas, −153,33 €): o primeiro dia da baixa, o do acidente, fica a cargo da empresa. Os outros dias são pagos pela seguradora de acidentes de trabalho.

Registar a baixa não gera lançamentos contabilísticos. O desconto chega à contabilidade com o recibo do mês.

Resultado esperado

• A ausência está Aprovado, com a Classificação preenchida.
• O registo reservado está Aprovado, com o certificado, quem paga e os dias de espera. Na lista Baixas por incapacidade, as baixas de meses já pagos aparecem como Processada.
• O recibo do mês tem a linha Retribuição perdida por faltas com os dias de baixa e menos dias de subsídio de alimentação.

Notas importantes

• Nunca escreva o diagnóstico. Nem na Descrição da ausência nem no separador Nota do registo reservado, onde o próprio campo avisa «Nunca dados clínicos.». Cada leitura do registo reservado fica registada.
• Os botões do registo reservado. Só aparecem a quem pode dar esse passo. Na ficha Registada, o aviso diz que «o botão Validar só aparece a quem tem também o perfil de Recursos Humanos». Quem tem Ver ausência médica sem o perfil RH não tem botões. Depois de Validar, a ficha fica Validada (RH), o RH já não tem Aprovar, e a aprovação segue para o Administrador de Salários (passo 9).
• Preencha a comunicação e a prova antes de aprovar. Se mudar Comunicada em, Prova entregue em ou Proteção da Segurança Social ou seguro numa ausência em Segunda Aprovação, o fiscaldoo devolve-a a Para Aprovar sem aviso, e é preciso aprovar de novo.
• Uma baixa num mês já pago não entra em nenhum recibo. Uma baixa de 26/10/2026 a 27/10/2026, com outubro já pago, foi aprovada sem aviso e o recibo de novembro não a descontou. Não use o registo da baixa para descontar um mês fechado: o acerto faz-se pela correção do recibo desse mês, com o contabilista.
• Prolongamento. Um prolongamento regista-se como uma ausência nova, a começar no dia seguinte ao fim da anterior. No registo reservado da nova baixa, o campo Continua liga-a à anterior.
• Verificação da doença. O separador Verificação da doença do registo reservado guarda o pedido de verificação à Segurança Social e o resultado (Lei 105/2009, arts. 17.º a 22.º). Se o trabalhador se opuser à verificação, marque Trabalhador opôs-se à verificação: os dias de férias apanhados pela baixa deixam de voltar ao saldo.
• Declaração à Segurança Social. Pendente de validação no ecrã: como os dias de baixa aparecem na declaração mensal à Segurança Social. A declaração de novembro só se prepara com o lote pago, e na demonstração o lote de novembro está só calculado.

Problemas frequentes

Ao escrever «Doença» em Tipo de tempo não aparece nada

• Sintoma: escrever Doen só propõe Licença para assistência a filho com deficiência ou doença crónica (arts. 52.º e 53.º).
• Causa: a pesquisa procura pelo nome neutro do tipo, mesmo para quem tem o perfil Ver ausência médica.
• O que fazer: escreva impossibilidade e escolha Doença ou Acidente de trabalho na lista.

Em Tipo de tempo só aparecem as letras A, B e C

• Sintoma: os tipos aparecem como Falta justificada — impossibilidade de prestar trabalho (CT art. 249.º/2-d) — A, — B e — C, e não há o menu Baixas por incapacidade nem o botão Registo médico.
• Causa: o utilizador não tem o perfil Ver ausência médica. A letra não diz o motivo, de propósito.
• O que fazer: peça o registo a quem tem esse perfil, ou peça o perfil a um administrador.

Ao validar aparece «… só se perde se o trabalhador tiver proteção da Segurança Social ou seguro …»

• Mensagem (vista pelo Administrador de Salários): «Operação inválida A retribuição de «Falta justificada — impossibilidade de prestar trabalho (CT art. 249.º/2-d) — C» só se perde se o trabalhador tiver proteção da Segurança Social ou seguro (art. 255.º/2) e ninguém disse se Hugo Miguel Santos a tem. O que aconteceu: o sistema não adivinha. Como resolver: preencha «Proteção da Segurança Social ou seguro».» Quem tem o perfil Ver ausência médica vê aqui o nome real do tipo.
• Causa: o campo Proteção da Segurança Social ou seguro ficou em Não dito.
• O que fazer: o RH preenche o campo na ausência, carrega de novo em Aprovar, e o Administrador de Salários carrega em Validar.

Ao guardar o certificado aparece «Há campos obrigatórios por preencher» (ou a linha desaparece)

• Mensagem: «Há campos obrigatórios por preencher. Preencha os campos assinalados a vermelho para poder guardar.»
• Causa: a linha do certificado não tem Emitido em, Válido desde ou Válido até. Uma linha completamente vazia desaparece ao guardar, sem mensagem; com só o número preenchido não foi possível reproduzir a mensagem.
• O que fazer: preencha as três datas da linha e guarde.